Projekt NEBI - Krajowy Ośrodek Badań Obrazowych w Naukach Biologicznych i Biomedycznych, uzyskany w ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój, ma na celu utworzenie Krajowego Centrum Zaawansowanych Analiz Obrazowania w Naukach Biologicznych i Biomedycznych - zaawansowanej infrastruktury informatycznej do gromadzenia i przetwarzania danych oraz stworzenie supernowoczesnej zintegrowanej platformy do wielowymiarowego obrazowania procesów biologicznych, warunkujących zarówno prawidłowe funkcjonowanie organizmu, jak i leżących u podłoża chorób cywilizacyjnych.

Aby umożliwić realizację Projektu, na terenie Stacji Badawczej Instytutu Nenckiego w Mikołajkach, powstanie nowoczesny, budynek naukowo-badawczy, w którym zlokalizowane będą 3 Laboratoria: Laboratorium Modelowania i Wizualizacji Dynamiki Złożonych Procesów Biologicznych, Laboratorium Obrazowania Biologicznego i Biomedycznego za Pomocą Technik Wysokoprzepustowych oraz Laboratorium Obrazowania Struktur i Funkcji Komórek i Tkanek za Pomocą Technik Wysokorozdzielczych, a także serwerownia.

Infrastruktura badawcza utworzona w ramach projektu będzie dostępna dla naukowców oraz użytkowników komercyjnych z całego świata. Wdrożenie rozwiązań pozwalających na kontrolowany i współdzielony dostęp do generowanych danych, pozwoli na pełne wsparcie zdalnego procesu zaawansowanej analizy i przetwarzania danych pochodzących z wysokorozdzielczych mikroskopów, wysokoprzepustowej aparatury badawczej oraz eksperymentów obliczeniowych.

BRAINCITY - Centrum Badań Plastyczności Neuronalnej i Chorób Mózgu chorób mózgu zostało utworzone w Instytucie Nenckiego przez prof. dr. hab. Leszka Kaczmarka i dr hab. Ewelinę Knapską – laureatów programu Międzynarodowe Agendy Badawcze (MAB), prowadzonego przez Fundację na rzecz Nauki Polskiej (FNP). Obejmuje ono 5 Pracowni Badawczych, których liderzy będą pracować nad własnymi projektami naukowymi, zgodnie z międzynarodowymi standardami badawczymi.

Program MAB jest realizowany przez FNP od listopada 2015 r. ze środków pochodzących z Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój (PO IR). Program ma umożliwić powstanie w Polsce wyspecjalizowanych ośrodków naukowych, prowadzących konkurencyjne w skali światowej badania naukowe.

Wyzwanie badawcze, jakie stoi przed BRAINCITY to zrozumienie i wykorzystanie złożonej plastyczności mózgu w celu zwalczania chorób.  Aby realizacja tak skomplikowanego projektu była możliwa, konieczna jest ścisła współpraca środowisk badawczych, specjalizujących się w różnych dziedzinach nauki, klinicznych i przemysłowych. Taka interdyscyplinarność i zjednoczenie wysiłków różnych grup pozwoli na uzyskanie wyższego poziomu wiedzy na temat funkcji i dysfunkcji mózgu oraz na szybkie wprowadzanie innowacji badawczych na rynek. Co ważne, BRAINCITY będzie opierać się na długoterminowej współpracy strategicznej z Europejskim Laboratorium Biologii Molekularnej, które jest niezwykle cenioną, światowej klasy instytucją naukową i liderem w zakresie badań, szkoleń i transferu technologii w dziedzinie nauk przyrodniczych.

W Instytucie Nenckiego powstały dwa (pierwsze w Polsce) Centra DIOSCURI. Laureatami pierwszego konkursu na Centra DIOSCURI zostali dr Aleksandra Pękowska, która utworzyła Centrum Biologii Chromatyny i Epigenomiki oraz dr Grzegorz Sumara – kierownik Centrum Chorób Metabolicznych.

Głównym przedmiotem badań Centrum Biologii Chromatyny i Epigenomiki jest identyfikacja genetycznych podstaw funkcjonowania astrocytów jak i zmian w genomie, które odpowiadają za ewolucyjną modyfikację biologii astrocytów.

Centrum Chorób Metabolicznych zajmuje się badaniem regulacji lipolizy przez różne klasy cząsteczek sygnałowych i wpływem konkretnych modułów sygnałowych na rozwój otyłości, cukrzycy typu 2 i kacheksji.

Program Dioscuri powstał z inicjatywy Towarzystwa Maxa Plancka, a jego celem jest powołanie Europie Środkowej i Wschodniej zespołów badawczych zdolnych skutecznie konkurować na arenie międzynarodowej. Pierwszy konkurs na utworzenie Centrów został ogłoszony w Polsce we współpracy z Narodowym Centrum Nauki (NCN) i był finansowany przez polskie Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz niemieckie Federalne Ministerstwo Edukacji i Badań. Każde nowo powołane Centrum będzie współpracować z tzw. jednostką mentorską - czyli uniwersytetem lub instytucją badawczą  w Niemczech.