Analiza wykorzystująca barwniki lipofilowe kationowe, takie jak JC-1, TMRE (ester etylowy tetrametylorodaminy), DiOC6 (3), DiIC1 (5), CMXRos (MitoTracker Red), LDS-751 i rodamina 123, które lokalizują się w poprzek wewnętrznej błony mitochondrialnej. Utrata potencjału błonowego jest wykrywana jako utrata barwnika z błony lub zmiana fluorescencji barwnika, w miarę spadku potencjału transbłonowego.