Immunofenotypowanie to analiza heterogenicznych populacji komórek mająca na celu określenie obecności i proporcji różnych grup komórek będących przedmiotem zainteresowania. Przeciwciała są używane do identyfikacji komórek poprzez wykrywanie specyficznych antygenów wyrażanych przez te komórki, które są znane jako markery. Immunofenotypowanie przy użyciu cytometrii przepływowej jest metodą wykorzystywaną w identyfikacji i sortowaniu komórek w złożonych populacjach, na przykład w analizie komórek odpornościowych w próbce krwi.